战后复兴的东京，、少年侦探金田正太郎和他的“铁人28号”一起解决了一个接着一个的困难事件。但是在战争中行踪不明的正太郎的哥哥出现在了正太郎面前。（正太郎的哥哥也叫正太郎，故下面用SHOUTAROU代替

在能源日渐枯竭的时代，发现可从锶合金矿石（ジャパニウム鉱石）中提取超级能源“光子力”，并以日本热海为光子力实验都市。觊觎光子力、企图征服世界的地狱博士，所属阿修罗、布洛肯军团及机械兽向光子力研究所发动

为了得到从伽帕尼姆矿石采收的超级能源・光子力，企图征服世界的地狱博士开始攻击该光子力研究所。主人公兜甲儿搭乘超级机器人・魔神Z与其展开战斗。地狱博士的部下阿修罗男爵、伯罗肯伯爵操控从巴多斯岛挖掘出来的机械兽挡在了甲儿的面前，甲儿搭乘祖父・十蔵制作的用最强金属・超合金Z制作的魔神Z一同投身激战中。然而，这个战争隐藏着的是兜一族和Dr.赫鲁的过去因缘、米克内文明・巴多斯岛之谜和魔神Z的秘密，谜团交错的故事即将拉开序幕…